Namun mulai tahun pelajaran kedua yakni 1997/1998 SMU Insan Cendekia memberi kesempatan pula kepada siswa-siswi SLTP umum dan MTs, baik negeri maupun swasta.
Baca juga: 5 Poin Perubahan Positif RUU Sisdiknas untuk PAUD, Dikmen dan Dikdas
Sejak tahun pelajaran 2000/2001 SMU Insan Cendekia, baik yang berada di Gorontalo maupun di Serpong, dilimpahkan pengelolaannya oleh BPPT kepada Departemen Agama RI.
Untuk tetap mempertahankan ciri khas penguasaan IPTEK dan IMTAK, maka dalam pengelolaan dan pembinaannya, Departemen Agama dan BPPT terus melakukan kerja sama.
Selanjutnya nama SMU Insan Cendekia ditransformasikan menjadi Madrasah Aliyah Insan Cendekia dengan tanpa mengurangi dan mengubah sistem pengajaran secara keseluruhan yang telah berjalan selama ini.
Pada tahun 2001, dengan SK Menteri Agama RI, Nomor 490 Tahun 2001 MA Insan Cendekia Serpong dan Gorontalo berubah menjadi Madrasah Aliyah Negeri (MAN) Insan Cendekia Gorontalo dan Madrasah Aliyah Negeri (MAN) Insan Cendekia Serpong.
Baca juga: 4 Universitas Tertua di Indonesia, Ada Kampusnya Ir Soekarno
Itulah sejarah MAN Insan Cendekia yang ternyata ada peran penting Bacharuddin Jusuf (BJ) Habibie di awal berdirinya.